Dotąd ordynacja podatkowa dawała kontrolującym uprawnienie do żądania udostępniania ksiąg, sporządzania z nich odpisów, kopii, wyciągów czy wydruków, jak również udokumentowanego pobierania danych w formie elektronicznej (por. art. 286 ordynacji podatkowej). Nieuzasadniona odmowa podatnika mogła zostać uznana za utrudnianie kontroli. Organy podatkowe – z zasady – nie mogły samodzielnie występować o takie materiały inaczej niż w ramach kontroli podatkowej, stąd na potrzeby postępowania podatkowego dowody z ksiąg musiały być dostarczane przez podatnika (organy uzależniały niekiedy wynik postępowania od ich przedstawienia). Podobny problem występował w ramach czynności sprawdzających, szczególnie kontroli krzyżowej, gdzie uprawnienie organów do żądania danych w formie elektronicznej mogło być kwestionowane.
Od 1 lipca 2016 r. organy podatkowe będą mogły wystąpić z żądaniem przekazania w postaci elektronicznej całości lub części ksiąg oraz dowodów księgowych prowadzonych przy użyciu programów komputerowych zarówno w ramach postępowania kontrolnego, jak i w toku postępowania podatkowego i kontroli krzyżowej. Dane takie miałyby być przekazywane za pomocą środków komunikacji elektronicznej lub na informatycznych nośnikach danych w przepisanej prawem formie, tj. w postaci elektronicznej odpowiadającej strukturze logicznej, która zostanie niedługo opublikowana w Biuletynie Informacji Publicznej. Potrzeba wprowadzenia regulacji w tym zakresie wynika z coraz częstszych przypadków nadużyć, zwłaszcza w związku ze zwrotem VAT przy transakcjach wewnątrzwspólnotowych. Obowiązek przekazania danych w tej formie nie obejmie wszystkich podatników. W przepisach przejściowych wskazano, że w okresie od 1 lipca 2016 r. do 30 czerwca 2018 r. małe i średnie przedsiębiorstwa będą mogły przekazywać dane w tej formie, stąd wydaje się, że w takiej formie składać ich nie muszą. W przepisach nie wskazano jednak, w jaki inny sposób powinny się wywiązać z nowych obowiązków przedstawiania danych w formie elektronicznej, skoro nie przewidziano w tym zakresie żadnych zwolnień. Wydaje się, że w okresie przejściowym podatnicy ci mogą udostępnić dane w dowolnej formie elektronicznej (plik xls lub PDF) bądź poprzestać na udostępnianiu ksiąg w dotychczasowej formie (wgląd do ksiąg, wydruk).
Wątpliwości może również budzić odniesienie się wyłącznie do małych i średnich przedsiębiorstw, bez uwzględnienia mikroprzedsiębiorstw. Oczywiste jest, że na gruncie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej każde mikroprzedsiębiorstwo bez problemów spełni warunki bycia małym przedsiębiorstwem, a małe przedsiębiorstwo z kolei spełni warunki bycia przedsiębiorstwem średnim. Trudno jednak znaleźć uzasadnienie dla niedbalstwa ustawodawcy, który połowicznie odwołuje się do innych ustaw, zamiast jednoznacznie napisać, o jaką grupę podatników chodzi – przedsiębiorcę, który co najmniej w jednym z dwóch ostatnich lat obrotowych zatrudniał mniej niż 250 osób oraz osiągnął obrót netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług oraz operacji finansowych nieprzekraczający równowartości w złotych 50 milionów euro bądź sumę aktywów bilansu nieprzekraczającą równowartości w złotych 43 milionów euro.